Entre los mamíferos nativos sólo se hallan los murciélagos, aunque en el Puerto Rico prehistórico habitaron algunos insectívoros, roedores y edentados, ya extintos. En las aguas costeras viven mamíferos marinos como el manatí (Trichechus manatus) y algunas especies de ballenas y delfines.
En cuanto a los invertebrados, encontramos una enorme variedad de insectos, arácnidos, crustáceos, moluscos y otros.
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