La placa del Caribe , una placa tectonica oceánica en la cual se encuentran Puerto Rico y las Antillas (a excepción de Cuba), se formó en el mesozoico tardío. Según Rosen, cuando Sudamérica se separó de África, se formó un archipiélago volcánico conocido como “Proto-Antillas”. Se dividió más adelante en las Antillas Mayores y las Menores debido a una nueva falla en las “Proto-Antillas”.
Actualmente se discute cuándo y cómo los antepasados de la fauna vertebrada colonizaron Las Antillas, particularmente si las Proto-Antillas eran islas oceánicas o si formaron una vez una conexión de tierra entre América del Norte y América del Sur. El primer y prevaleciente modelo, es el modelo de dispersión del agua continental, sobre todo la fauna suramericana; el otro sugiere una sustitución adaptativa de la fauna de proto-Antillas.
Los últimos cambios principales ocurridos en la fauna de Puerto Rico sucedieron hace aproximadamente 10 000 años como resultado del aumento del nivel del mar después de la Edad de Hielo que se asociaron a cambios ambientales. La transformación de Puerto Rico de un ambiente seco de la sabana a su actual estado húmedo y boscoso ocasionó extinciones en masa, especialmente entre la fauna vertebrada.
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